STAGE - Traduction modèles d’influences - modèles mécanistiques (H/F)

Réf. 309520-15173277

Stage - Informatique - Développement

Localisation : Yvelines

Début : entre janvier et février 2017
Durée : 6 mois
Indem. : à définir

Dassault Systèmes

Dassault Systèmes, « The 3DEXPERIENCE Company », offre aux entreprises et aux particuliers les univers virtuels nécessaires à la conception d’innovations durables. Ses solutions leaders sur le marché transforment pour ses clients, la conception, la fabrication et la maintenance de leurs produits. Les solutions collaboratives de Dassault Systèmes permettent de promouvoir l’innovation sociale et offrent de nouvelles possibilités d’améliorer le monde  réel grâce aux univers virtuels. Avec des ventes dans 140 pays, le Groupe apporte de la valeur à près de 190 000 entreprises de toutes tailles dans toutes les industries.

CATIA, SOLIDWORKS, SIMULIA, DELMIA, ENOVIA, GEOVIA, EXALEAD, NETVIBES, 3DSWYM et  3D VIA sont des marques déposées de Dassault Systèmes ou de ses filiales aux USA et/ou dans d'autres pays.

 

STAGE - Traduction modèles d’influences - modèles mécanistiques (H/F)

Missions :

Les systèmes biologiques intra- et intercellulaire décrivent les interactions moléculaires qui permettent aux cellules de produire de l’énergie et le matériel dont elles sont constituées, ainsi que d’influencer leurs comportements. Ces systèmes peuvent être modélisés à différents niveaux d’abstraction et de précision. Durant ce stage nous nous intéressons en particulier à l’interconnexion entre deux niveaux souvent utilisés par les biologistes : i) le niveau « influences fonctionnelles » qui décrit le flux d’information et les liens causes - effets et ii) le niveau « mécanistique » qui décrit le flux de matière à travers des transformations biochimiques de molécules et qui décrit les détails des modes d’action des influences.

Votre mission sera de travailler sur un algorithme semi-automatique aidant l’utilisateur à construire un modèle « mécanistique » à partir d’un modèle « d’influences » en explorant les différentes alternatives mécanistiques possibles et en précisant les informations biologiques connues sur le mode d’action. Le but étant de proposer un modèle mécanistique minimal prêt pour l’estimation des paramètres et l’évaluation des alternatives de modélisation.

Alternativement, vous pourrez également travailler sur la traduction inverse qui génèrera de manière semi-automatique une vue « influence » pour un modèle « mécanistique ». Votre travail consistera alors à identifier et à expliciter des informations nécessaires pour effectuer cette traduction, la classification et la généralisation des cas de traductions automatiques possibles et appliquer ces méthodes afin de les tester sur les modèles disponibles dans les bases de données de pathways tel que Reactome, BioModels et le Cancer Cell Atlas.
L’ensemble des travaux algorithmiques doit se concrétiser dans un prototype.

Profil :

  • Etudiant(e) en Ecole d'Ingénieurs ou Master universitaire, vous préparez un diplôme de niveau Bac+4 ou Bac+5.
  • Vous vous spécialisez en informatique, bioinformatique.

Compétences techniques souhaitées :

  • Vous avez d’excellentes connaissances en algorithmique, programmation objet en C++ et/ou la programmation web (javascript, HTML5, CSS) et êtes à l’aise dans la manipulation informatique de données complexes. La connaissance d’un langage de scripting (python, perl ou autre) serait utile pour les tests rapides.
  • Des connaissances particuliers en biologie moléculaire ne sont pas nécessaires mais vous serez amené(e) à vous former en interactions avec les membres de l’équipe sur les concepts biologiques importants pour comprendre le besoin utilisateur.

Compétences personnelles souhaitées :

  • Vous faites preuve d'autonomie, de capacité d’adaptation à un sujet nouveau, d'une capacité à aborder un domaine scientifique par la lecture d’articles de recherche...
  • Vous aimez travailler en équipe.

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