STAGE - Ingénieur(e) Recherche - Brain long-distance connectivity extraction from DICOM images

Réf. 312762-21688328

Stage - Informatique - Développement

Localisation : Yvelines

Début : entre janvier et mars 2018
Durée : de 5 à 6 mois
Indem. : à définir

Dassault Systèmes

Dassault Systèmes, « The 3DEXPERIENCE Company », offre aux entreprises et aux particuliers les univers virtuels nécessaires à la conception d’innovations durables. Ses solutions leaders sur le marché transforment pour ses clients, la conception, la fabrication et la maintenance de leurs produits. Les solutions collaboratives de Dassault Systèmes permettent de promouvoir l’innovation sociale et offrent de nouvelles possibilités d’améliorer le monde  réel grâce aux univers virtuels. Avec des ventes dans 140 pays, le Groupe apporte de la valeur à près de 200 000 entreprises de toutes tailles dans toutes les industries.

CATIA, SOLIDWORKS, SIMULIA, DELMIA, ENOVIA, GEOVIA, EXALEAD, BIOVIA, NETVIBES, 3D VIA, 3DEXCITE sont des marques déposées de Dassault Systèmes ou de ses filiales aux USA et/ou dans d'autres pays.

STAGE - Ingénieur(e) Recherche (H/F)
- Brain long-distance connectivity extraction from DICOM images -

Contexte & Présentation d'équipe

L'organisation « BioSphere Research » de Dassault Systèmes réalise une veille scientifique et technologique permanente et réalise des prototypes logiciels pour évaluer l'applicabilité de nouvelles technologies et ou connaissances scientifiques.

Ce service doit assurer à tout moment un haut niveau de compétences dans tous les domaines technologiques, biologiques et biomédicaux de l'entreprise, et doit préparer ses éventuelles diversifications et acquisitions.

Rôle & Objectif :

Les images issues des appareils d’IRM (Imagerie par résonance magnétique) sont des images volumiques qui donnent des indications sur les différents tissus, organes ou sous-organes par des représentations en niveaux de gris. Pour certaines analyses plus fines, il peut être utile d’extraire des informations comme des tractographies, la trajectoire de faisceaux de fibres dans la matière blanche qui connectent les aires cérébrales entre elles. Les laboratoires réalisent pour cela des examens dits de Diffusion Tensor Imaging.

Dans le cadre de ce stage, vous recenserez les algorithmes existants de tractographie.

Puis, vous réaliserez l’implémentation logicielle d’un ou plusieurs de ces algorithmes sur architecture classique (PC).

Enfin, le composant résultant de ce développement logiciel sera intégré à une infrastructure de workflow existante, de manière à alimenter les analyses situées en aval.

Références :

Le Bihan, D., Mangin, J.-F., Poupon, C., Clark, C. A., Pappata, S., Molko, N. and Chabriat, H. (2001), Diffusion tensor imaging: Concepts and applications. J. Magn. Reson. Imaging, 13: 534–546. doi:10.1002/jmri.1076.
Mori, S., & van Zijl, P. (2002). Fiber tracking: principles and strategies–a technical review. NMR in Biomedicine, 15(7‐8), 468-480.

Profil H/F :

Etudiant(e) en Ecole d'Ingénieurs ou Master universitaire, vous préparez un diplôme de niveau Bac+5.

Vous vous spécialisez en Développement Logiciel et/ou Traitement d’images 3D et/ou Analyse mathématique et géométrique et/ou Neuroanatomie Computationnelle.

Compétences techniques requises :

  • Bon niveau de programmation Python ou C/C++
  • Modélisation géométrique 3D (Bézier, Mesh 3D…)
  • Connaissances en traitement d’images médicales (format DICOM, DTI...)
  • Connaissances en algorithmes de tractographie

Compétences techniques souhaitées :

Votre candidature aura un atout supplémentaire si vous disposez d’une :

  • Exposition antérieure au logiciel diffusion toolkits : FSL, MRTrix….
  • Exposition antérieure à des algorithmes d’extraction de trajectoires à partir de DTI
  • Notion en programmation Web, en particulier WebGL.

Qualités professionnelles requises :

  • Créativité et esprit collaboratif dans l’échange d’idées avec les autres membres du département BioSphere Research
  • Autonomie et force de propositions pour la mise en œuvre du prototype
  • Rigueur et autonomie dans votre conduite technique du stage
  • Pédagogie dans la présentation et l'explication des résultats du stage
  • Vous êtes motivé(e) par un engagement professionnel à long-terme autour de la neurologie, de la neuroimagerie, de l’anatomie computationnelle, du développement logiciel et des technologies informatiques de diagnostic médical

Stage obligatoire de validation de cursus, sous convention de stage.
Durée 6 mois maximum, à débuter dès Février 2018

Contact

Dassault Systèmes
Service Recrutement
10 Rue Marcel Dassault
78946 Vélizy
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