Recherche et analyse des promoteurs des gènes SAR - Détermination d'un consensus d'activation pour A. thaliana.
Emmanuel Poulouin
Mémoire publié en 2002 - 19 pages


Résumé

Les promoteurs des gènes de la Réponse Systémique Acquise sont activables par un facteur de transcription de la famille TGA-bZIP et cette RSA est absente de la plante mutante npr1 mais restaurée par la surexpression de nim1. Ces résultats moléculaires permettent de supposer l'exis-tence d'une activation commune à l'ensemble de ces gènes. La connaissance du génome complet d'Arabidopsis thaliana permet de connaître les séquences promotrices exactes des gènes RSA connus dans la littérature scientifique. Les programmes RSA-tools et Motif Sampler ont déterminé par analyses informatiques depuis ces séquences un consensus d'activation. Ce consensus est simi-laire à celui reconnu chez PR1 par le TGA-bZIP NPR1 selon des études de biologie moléculaire. Le consensus déterminé correspondrait donc au facteur de transcription NPR1 or parmi les gènes de la RSA se trouve NPR1. De cette analyse in silico se déduit l'auto-activation de NPR1.
Le consensus déterminé, il fut possible de rechercher cette séquence précise dans l'ensemble des promoteurs du génome d'A. thaliana et ainsi d'obtenir la liste des gènes pouvant potentiellement appartenir à la RSA notamment ceux dont la fonction est inconnue.



The promoters of the Acquired Systemic Resistance genes are activated by a transcription factor of the TGA-bZIP family and this SAR in absent in the mutant plant npr1 but is restored by expression of nim1. These molecular results make it possible to suppose the existence of an activa-tion common to all these genes. The knowledge of the complete genome of Arabidopsis thaliana makes it possible to know the exact promoters sequences of SAR genes known in the scientific lit-erature. The programs RSA-tools and Motif Sampler have determined, by data-processing from these sequences, an activation consensus. This consensus is similar to that recognized at PR1 by TGA-bZIP NPR1 according to molecular biology studies. The given consensus would thus corre-spond to the transcription factor NPR1 gold among genes of the SAR is NPR1. This analysis in silico suppose an auto-activation of NPR1.
The determined consensus, it was possible to seek this precise sequence in the whole of the promoters of the genome of A. thaliana and thus to obtain the list of genes potentially being able to belong to the SAR in particular those whose function is unknown.
Nous vous rappelons que le téléchargement des travaux (mémoires et thèses) présentés sur le site iQuesta.com est destiné à un usage strictement privé. Toute reproduction desdits travaux pour un usage autre que privé effectuée sans le consentement de l'auteur constitue une contrefaçon susceptible d'entraîner des sanctions à votre encontre (articles L.122-4, L.122-5, L.335-2 et suivants du Code de la propriété intellectuelle).

Contact

Emmanuel Poulouin

Université Libre de Bruxelles
Laboratoire de Biotechnologies Végétales